Otra visita memorable en 1930 fue la del General de División Makoto Miura, que se mostraba escéptico ante el nuevo Budo y visitó el dojo con el único fin de vencer a Morihei. Sin embargo, el fundador resolvió tan claramente las dudas de Miura, que éste se apuntó como alumno en el acto. Posteriormente, a petición de este mismo General, Morihei se convirtió en instructor de la Academia Militar Toyama.

En Abril de 1931, finalizó la construcción de un dojo de aiki-budo de un total de ochenta tatami, conocido como el Kobukan, en Wakamatsu-cho, en el mismo lugar donde está hoy en día el dojo central. Se apuntaron muchos alumnos, entre ellos Hisao Kamata, Hajime Iwata, Kaoru Funabashi, Tsutomu Yugawa y Rinjiro Shirata, y durante los diez años siguientes, el aiki-budo experimentó su primera época dorada. En esa época, el Kobukan era conocido como el "dojo del infierno", por el entrenamiento tan extraordinariamente intenso que se practicaba allí.

Los años siguientes fueron muy activos para Morihei, ya que no solo enseñaba en el Kobukan, sino en muchos otros dojos que se habìan establecido en Tokyo y en Osaka. Los dojos principales eran el Otsuka Dojo, en Koishikawa (patrocinado por Seiji Noma, el Presidente de Kodansha), el Fujimi-cho Dojo, en Idabashi y el Sonezaki Dojo, el Suida Dojo y el Chausuyama Dojo en Osaka.

Uchi-deshi (alumnos que vivían en el dojo) notables de esta época era Shigemi Yonekawa, Zenzaburo Akazawa, Gozo Shioda y Tesumi Hoshi.

Morihei también enseñaba en cuarteles de policía en el área de Osaka por recomendación de uno de sus seguidores, Kenji Tomita, jefe de policía de la prefectura de Osaka, y posteriormente gobernador de la Prefectura de Nagano y secretario de gobierno. Además, se dedicaba cada vez más a dar clases en el Periódico Asahi, en Osaka y, a través del Club Industrial de Japón, tuvo ocasión de enseñar a gente del mundo financiero.

En 1932 se fundó la Sociedad Japonesa para la Promoción de las Artes Marciales y en 1933, Morihei se convirtió en su Presidente.

En Mayo de 1933 se creó una sala de entrenamiento, llamada Takeda Dojo, en la Prefectura de Hyogo. Docenas de estudiantes fueron a vivir allí, poniendo en práctica el ideal del fundador de unir las artes marciales y la agricultura.

Para mediados de los años treinta, Morihei se había hecho famoso en el mundo de las artes marciales. Incluso más que por su dominio de las diversas artes marciales tradicionales japonesas, llamó la atención del público por la naturaleza, que marcó una época, de su propia creación original, "la unión del espíritu, de la mente y del cuerpo" en el aiki, llamada formalmente aiki-budo.

Durante este período Morihei practicaba Kendo intensivamente en el Kobukan Dojo, y una serie de practicantes de kendo frecuentaban el dojo, como Kiyoshi Nakakura, que posteriormente en 1932, se convertiría en yerno de Morihei.

En Setiembre de 1939, Morihei fue invitado a Manchuria para asistir a una exhibición pública de artes marciales. Allí luchó con el ex-luchador de sumo Tenryu y le inmovilizó con un solo dedo. Morihei continuó con sus visitas a Manchuria incluso después de que estallara la Guerra del Pacífico, aceptando puestos de asesor en diversas instituciones, entre ellas, la Universidad Kenkoku, con la que se comprometió de manera particular.

Su última visita a Manchuria fue en 1942, cuando asistió a la celebración del décimo aniversario de la fundación del estado de Machukuo, patrocinado por Japón, invitado por la Asociación de las Grandes Artes Marciales, y donde realizó una demostración ante el Emperador Pu'Yi.

El 30 de Abril de 1940, el Ministerio de Salud y Bienestar concedió a Kobukan el estatus de Fundación. El primer presidente de la fundación fue el Almirante Isamu Takeshita. Ese mismo año, la academia de policía donde Morihei enseñaba, adoptó el aiki-budo como asignatura obligatoria.

Con el estallido de la Guerra del Pacífico, los alumnos del dojo de Tokyo fueron yéndose uno tras otro al frente. Yo era entonces alumno de segunda enseñanza de la Universidad de Waseda, y me dieron la responsabilidad de mantener el Dojo junto a Kisaburo Ozawa y a otros jóvenes alumnos de Aikido.

También en 1941, el aiki-budo fue incorporado al Butokukai (una corporación gubernamental que reunía todas las artes marciales en una sola organización). Morihei nombró a Minoru Hirai como representante y Director de la Sección Aiki del Butokukai. Fue entorno a esta época cuando se empezó a utilizar por primera vez el nombre de Aikido. Como reacción a la naturaleza provisional de las nuevas medidas, llevadas a cabo en época de emergencia, por las que el Aikido se vió reducido a una Sección del Butokukai, y con el fin de conservar para las generaciones futuras el espíritu del budo que había creado, Morihei restableció las bases organizativas del aikido en la Prefectura de Ibaragi. Dejándome al cargo del dojo en Wakamatsu-cho, Morihei se trasladó con su mujer a Iwama, donde vivió frugalmente en una granja arreglada hasta después de finalizada la guerra.

El Iwama, Morihei comenzó la construcción de lo que llamaba el Ubuya (habitación de nacimiento), o santuario interior del Aikido: un complejo que incluía el Santuario Aiki y un dojo al aire libre. El interior del Santuario Aiki, con exquisitas tallas, se terminó en 1944; el dojo Aiki, ahora conocido como el Dojo Ibaragi Anexo del Santuario Aiki, se terminó en 1945, justo antes de que terminara la Guerra.

En el Santuario están entronizadas cuarenta y tres divinidades guardianas del Aikido. El propio Morihei hizo los planos de los recintos del Santuario según los principios del Kotodama. Por ejemplo, el edificio principal, la sala de oración, el torii, y el trazado en sí siguen la ley de los tres principios universales, es decir, el triángulo, el círculo y el cuadrado, que simbolizan ejercicios respiratorios en el estudio del Kotodama. 

"Cuando el tríangulo, el círculo y el cuadrado se unen en rotación esférica, resulta un estado de claridad perfecta. Esta es la base del Aikido", explicaba Morihei.

A lo largo de la guerra luché por conservar el Dojo Kobukan, a pesar de que la situación empeoraba cada vez más y a pesar de los bombardeos masivos de Tokyo por parte de la Fuerza Aérea de los EE.UU. El dojo salió indemne, pero después de la guerra fue utilizado como refugio por más de treinta familias sin hogar, siendo imposible continuar allí con la práctica. Por tanto se trasladó la Sede Central del Aikido a Iwama, donde Morihei continuaba viviendo plácidamente, trabajando la tierra y enseñando a jóvenes de los alrededores.

Después de la guerra, las artes marciales fueron en declive por un tiempo, y el futuro del Aikido también peligró. Morihei, sin embargo, tenía fe en el nuevo Aikido, y trabajamos muy duro juntos para establecer su lugar en el Japón de la postguerra. Cuando pareció que la confusión que prevalecía justo después de terminada la guerra había disminuído algo, se decidió trasladar la Sede Central del Aikido otra vez a Tokyo. El 9 de Febrero de 1948, el Ministerio de Educación concedió permiso para restablecer el Aikikai. Durante esa época el dojo principal de Tokyo recibió el nuevo nombre de Ueshiba Dojo y Sede Central Mundial del Aikido.

Tras establecerse el Aikikai, recayó sobre mí la responsabilidad de consolidar la organización existente y planificar su desarrollo futuro. Mientras tanto, Morihei permanecía en Iwama, dedicado a la contemplación y a la práctica de las artes marciales.

De 1950 en adelante, Morihei comenzó de nuevo a viajar por el Japón, respondiendo a invitaciones para enseñar, dando conferencias y haciendo demostraciones. Cuando alcanzó los setenta años de edad, la mágnífica técnica de Morihei surgía cada vez con más fluidez de la inmensidad de su espíritu, en contraste con la fiereza y la fuerza física características de sus primeros años, poniendo un mayor énfasis en la naturaleza amorosa del Aikido. (El primer carácter de Aikido, "ai", que significa amor, se lee de la misma manera que el carácter que significa amor. En sus últimos tiempos, Morihei acentuaba la equivalencia de estos dos significados).

En 1954, se trasladó la sede central del Aikido a Tokyo, y el Dojo de Tokyo adoptó el título oficial de Fundación Aikikai: el Hombu Dojo de Aikido. En Setiembre de 1956, el Aikikai celebró la primera demostración pública de artes marciales desde que terminara la guerra, en el ático de los almacenes Takashimaya, en Nihombashi, Tokyo. La demostración duró cinco días y causó gran impresión en los dignatarios extranjeros presentes. Morihei se había opuesto inflexiblemente a este tipo de demostraciones, pero comprendió que Japón había comenzado una nueva era y consintió a fin de desarrollar el Aikido.

Cuando el Aikido se fue estableciendo en la conciencia popular, aumentó rápidamente el número de alumnos de todas partes del mundo. En el propio Japón, se abrieron nuevos dojos a los largo de todo el país, y el Aikido se extendió a las Universidades, a las oficinas gubernamentales y a las empresas, anunciando una segunda época dorada. A medida que Morihei se iba haciendo mayor, tomaba un papel menos activo en la dirección del Aikikai, dejándome a mí al cargo de la insttrucción en el Hombu Dojo. Sin embargo, continuaba haciendo demostraciones y en Enero de 1960, la NTV emitió "El Maestro del Aikido", programa que filmaba las técnicas del fundador.

El 14 de Mayo de 1960, el Aikikai patrocinó una demostración de Aikido en Shinjuku, Tokyo. En aquella ocasión, Morihei causó honda impresión en la audiencia  con una demostración titulada "La esencia del Aikido".

Más tarde, ese mismo año, Morihei recibió de manos del Emperador Hirohito, junto con Yosaburo Uno, Décimo Dan de Kyudo, la Condecoración Shijuhosho. Sólo tres personas del mundo de las artes marciales habían recibido esta condecoración antes: el maestro de Judo Kyuzo Mifune, y los maestros de Kendo Kinnosuke Ogawa y Seiji Mochida.

El 28 de Febrero de 1961, Morihei fue a los Estados Unidos, invitado por el Aikikai de Hawaii. Durante su visita, el fundador hizo la siguiente declaración: "He venido a Hawaii para construir un "puente de plata". Hasta ahora he permanecido en Japón construyendo un "puente de oro" para unir a Japón, pero de ahora en adelante, deseo construir un puente para unir a los diferentes países del mundo a través de la armonía y del amor contenidos en el Aikido. Pienso que el Aiki, fruto de las artes marciales, puede unir a las gentes del mundo en armonía, en el verdadero espíritu del Budo, envolviendo al mundo en un amor inalterable." 

El 7 de Agosto de 1962, tuvo lugar un gran Festival en el Santuario Aiki de Iwama para celebrar el sesenta aniversario de Morihei como practicante de artes marciales y en 1964 recibió una condecoración especial del Emperador Hirohito en reconocimiento a su contribución a las artes marciales. 

El 14 de Marzo de 1967 se llevó a cabo la ceremonia de iniciación de los trabajos para la construcción del nuevo Hombu Dojo en Tokyo. Ese mismo día, Morihei realizó en Iwama el primer arado ceremonial del año Nuevo. El 15 de Diciembre de ese año, se terminó el nuevo Dojo, un moderno edificio de hormigón de tres pisos. Una de las habitaciones era utilizada por el fundador como estudio y dormitorio, y ahora es conocida como Habitación de Objetos del Fundador.

El 12 de Enero de 1968, se llevó a cabo una ceremonia conmemorativa para celebrar la terminación del nuevo Hombu Dojo, y Morihei habló sobre la esencia de la técnica del Aikido. Más tarde, durante ese año, Morihei realizó lo que sería su última demostración de Aikido en el Kokaido, en Hibiya, para conmemorar la terminación del nuevo edificio.

El 15 de Enero de 1969, Morihei asistió en el Hombu Dojo a las celebraciones del Año Nuevo. Aunque parecía gozar de buena salud, su condición física se deterioró rápidamente y murió plácidamente el 26 de Abril de 1969, a las 5 de la tarde. El 1 de Mayo, a partir de las 7 y 10 de la tarde, se celebró una vigilia en el Hombu Dojo, y ese mismo día el Emperador Hirohito le concedió una condecoración póstuma. Sus cenizas fueron enterradas en el Templo de la Familia Ueshiba en el Cementerio de Tanabe, y se guardaron mechones del cabello del fundador en el Santuario Aiki de Iwama, en el Cementerio de la Familia Ueshiba en Ayabe y en el Gran Santuario Kumano.

El 14 de Junio de 1970, Kisshomara Ueshiba fue elegido para suceder a su padre como Aiki Doshu por decisión unánime del Aikikai.